Le SARS-CoV-2, virus responsable du COVID-2019 pour (Coronavirus disease 2019) est un coronavirus qui a emmergé dans la ville de Wuhan dans la province de Hubei en Chine en décembre 2019. Il est responsable d'une épidémie dont l'épicentre se trouvait initialement en Chine, mais sa diffusion est rapidement devenue mondiale, considérée par l'OMS comme pandémie à compté du 11 mars 2020.

Les coronavirus sont des virus à ARN enveloppé appartenant à la famille des Coronaviridae, genre betacoronavirus. Chez l'homme, six espèces de coronavirus était jusqu'à lors connues: les HCoV saisonniers, le SRAS –CoV, le MERS-CoV et maintenant le SARS-CoV-2 identifié comme le septième Cornonavirus pathogène pour l'homme. La source zoonotique de la contamination semble se préciser avec probablement la chauve-souris comme réservoir primaire et transmission à l'homme par l'intermédiaire du pangolin, mammifère asiatique écailleux de la famille des fourmiliers. Les données de surveillances internationales et la littérature scientifique nous renseignent désormais sur la présence incontestable d'une transmission interhumaine directement par voie respiratoire et aussi de manière indirecte par contact surface inerte-mains-muqueuses avec un RO estimé à 2,2 à 2,68. La période d'incubation semble être de 5 jrs en moyennes (2-12jrs), avec un temps de doublement de l'épidémie de 6,4 à 7,5 jours. La période de contagiosité n'est pas encore bien définie et il n'est pas exclu qu'une personne puisse être contagieuse dans les 24h précédant les symptômes. L'analyse de la littérature retrouve la présence de porteurs asymptomatiques (1.2 %). La symptomatologie clinique est également variable, avec la survenue de formes non graves comme la présence d'infections des voies aériennes supérieures (rhinopharyngite, toux, odynophagie), conjonctivite, syndrome pseudo-grippal avec céphalées, myalgies, asthénie et parfois diarrhées. On observe la présence d'infections respiratoires basses pauci symptomatiques (fièvre, toux, absence de dyspnée mais présence d'images compatibles avec une pneumonie radiologique) et l'expression de forme graves : pneumonie hypoxémiante, SDRA. Le taux de létalité de l'infection est estimé à moins de 1% dans des conditions optimales de prise en charge et en cas d'absence de comorbidités. Comme tous virus, Le SARS CoV-2 est soumis à des mutations lui permétant de s'adapter à son environement. Ainsi, la souche initaile a maintenant quasiment disparue, supplanté par le variant Alpha, plus contagieux qui a largement diffusé dans le monde, les variants Béta et Gamma, présentant un risque d'echappement immunitaire mais qui ne ont pas devenu majoritaires hors de leur région d'apparition (Afrique du Sud et Brésil), et maintenant le variant Delta plus contagieux encore que le variant Alpha et devenant majoritaire au niveau du globe.

Plus d'informations à caractère opérationnel sont disponibles sur le site de la mission COREB.

Sources : ProMED-Mail, ECDC, CDC, OMS

1ère mise en ligne le 17/1/2020
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